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革命性靶向RNA-seq技術(shù)助力高效融合基因檢測

更新時間:2023-08-01點擊次數(shù):990

隨著癌癥研究的不斷深入,融合基因被認(rèn)為是癌癥發(fā)生的主要原因之一。而快速準(zhǔn)確地對融合基因進(jìn)行檢測,則能夠指導(dǎo)醫(yī)學(xué)研究方案選擇。然而,目前存在的分子檢測方法在分辨率和通量方面受到一定的限制。靶向RNA-seq技術(shù),通過使用生物素化寡核苷酸探針來富集目標(biāo)RNA轉(zhuǎn)錄本,能夠克服這些限制,實現(xiàn)對融合基因的敏感檢測。

 

傳統(tǒng)的融合基因檢測方法主要包括Fluorescence in situ hybridizationFISH)和實時定量聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)。然而,這些方法只能檢測單個融合基因,無法識別新的融合基因伴侶或解析復(fù)雜的結(jié)構(gòu)重組。而靶向RNA-seq技術(shù)可以克服這些限制,其敏感度高,能夠檢測到罕見或較低表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本。

 

靶向RNA-seq的優(yōu)勢在于能夠在一個實驗中靶向捕獲數(shù)百個基因,大大提高了融合基因的檢測率。通過對多個細(xì)胞系進(jìn)行檢測分析,該技術(shù)在檢測融合基因方面表現(xiàn)出更強的優(yōu)勢。例如,在肺癌患者的腫瘤組織中,靶向RNA-seq不僅確認(rèn)了ROS1ALK的重組現(xiàn)象,還確定了其伴侶基因和融合連接位點。這不僅提高了融合基因的檢測率,還與之前的檢測結(jié)果具有高度的一致性。

 

另外,靶向RNA-seq技術(shù)還應(yīng)用于其他疾病的融合基因檢測。在慢性髓性白血病者中,靶向RNA-seq確定了與imatinib研究反應(yīng)相關(guān)的BCR-ABL1異構(gòu)體。在前列腺癌者中,靶向RNA-seq識別到了多個TMPRSS2-ERG融合異構(gòu)體,并發(fā)現(xiàn)這些融合異構(gòu)體具有多樣的轉(zhuǎn)錄起始位點。此外,靶向RNA-seq還可以用于統(tǒng)計基因和外顯子的表達(dá),通過讀深變化來識別融合連接位點,并發(fā)現(xiàn)融合基因的發(fā)生可能與基因表達(dá)相關(guān)。

 

為了滿足科研和醫(yī)學(xué)的需要,蘇州阿爾法生物有限公司聯(lián)合海星生物提供了革命性的HyCyte®標(biāo)準(zhǔn)品細(xì)胞株定制服務(wù)。該服務(wù)基于成熟的基因編輯系統(tǒng),包括CRISPR/Cas9基因定點編輯技術(shù)、VIRUS-Free™ 基因穩(wěn)轉(zhuǎn)技術(shù)以及ClonePlus™細(xì)胞單克隆技術(shù)。通過這些核心技術(shù),我們可以快速高效地構(gòu)建多基因多細(xì)胞系的突變標(biāo)準(zhǔn)品細(xì)胞株,解決多基因多細(xì)胞系混合突變頻率不確定的難題。

 

我們的融合基因標(biāo)準(zhǔn)品細(xì)胞株定制服務(wù)具有多項優(yōu)勢,可以根據(jù)需求針對DNARNA或蛋白等不同層面的檢測應(yīng)用的細(xì)胞株定制。服務(wù)周期為7-12周,變異頻率可達(dá)到50-100%或高拷貝。我們提供穩(wěn)定傳代的細(xì)胞株交付,同時也可提供背景細(xì)胞株(野生型細(xì)胞株)。交付形式包括細(xì)胞株、gDNA、ctDNA、FFPE蠟塊。在交付成果后,我們還提供PCR檢測、Sanger測序驗證等驗證方法,以確保標(biāo)準(zhǔn)品細(xì)胞株的質(zhì)量和可靠性。

 

蘇州阿爾法生物有限公司致力于為科研和制藥企業(yè)提供實驗室儀器、實驗試劑、實驗耗材等產(chǎn)品和服務(wù)。我們將繼續(xù)不斷創(chuàng)新,為客戶提供更多高效、便捷的解決方案,助力科研和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展。

 

參考文獻(xiàn):

 

1. Gallagher RI, et al. Targeted RNA sequencing with a 48 gene panel accurately identifies colorectal cancer patients with microsatellite instability or mismatch repair deficiency. Gastroenterology. 2020; 158: 1308-1320.

 

2. Singh RR, et al. Clinical validation of a next-generation sequencing screen for mutational hotspots in 46 cancer-related genes. J Mol Diagn. 2013; 15: 607-622.

 

3. Campbell PJ, et al. The patterns and dynamics of genomic instability in metastatic pancreatic cancer. Nature. 2010; 467: 1109-1113.

 

 

4. Dr?qescu CA, et al. Validation of a next-generation-sequencing cancer panel for use in the clinical laboratory. Arch Pathol Lab Med. 2015; 139: 508-517.


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